A unificação dos ambientes lóticos, lênticos e de transição em um único estudo é essencial para a análise integrada da bacia hidrográfica. O objetivo desse trabalho é compreender e representar a transição da qualidade da água superficial entre o rio e o reservatório. Para isso, foi criado um programa que realiza a modelagem matemática que integra os ambientes lóticos e lênticos. Tal programa poderá auxiliar no reconhecimento dos trechos de pior qualidade da água dos corpos hídricos, considerando a continuidade do sistema, de modo a auxiliar a tomada de decisões. Para os trechos de rio, foi utilizado o modelo Streeter-Phelps, enquanto para os trechos de reservatório foi realizada uma adaptação do modelo 0D de sistemas completamente misturados (Continuously Stirred Tank Reactor - CSTR). A simulação englobou os parâmetros demanda bioquímica de oxigênio (DBO) e oxigênio dissolvido (OD). O modelo integrado foi aplicado ao estudo de caso do reservatório Jurumirim e dos trechos do rio Paranapanema a montante e a jusante do reservatório. Observou-se, na simulação do caso estudado, que o reservatório contribui positivamente para a qualidade da água do rio e que o trecho de transição entre o rio e o reservatório foi o local onde ocorreram as principais alterações na qualidade da água. Espera-se que os dados modelados e obtidos em campo sejam próximos. A vantagem desta abordagem simplificada é a facilidade e rapidez na aplicação, de modo a contribuir com a gestão de recursos hídricos.